5 października 1938 roku – w ostatnim dniu swego życia – siostra Faustyna powiedziała z promienną twarzą: „Dziś mnie Pan Jezus zabierze!”. Doznając wielkich boleści, poprosiła o zastrzyk uśmierzający, ale po chwili zastanowienia zrezygnowała z niego, uważając, iż Chrystus domaga się od niej tej ofiary. Po raz ostatni wyspowiadała się o godz.16:00 u ks. Andrasza i cichutko oczekiwała na śmierć.
Dzień narodzin dla Nieba Apostołki Bożego Miłosierdzia tak wspominała śp. s. Eufemia Traczyńska: 5 października w czasie kolacji był dzwonek. Wiadomo było, że Siostra Faustyna umiera. Wszystko zostawiłyśmy i, ile nas było, poszłyśmy do niej. W infirmerii był już Ksiądz Kapelan i parę sióstr. Wspólnie się pomodliliśmy. Modliliśmy się bardzo długo: odmawialiśmy modlitwy za konających, litanie i inne modlitwy. Modliliśmy się tak długo, że nawet nabożeństwo wieczorne trochę później zostało odprawione. W pewnym momencie Siostra Faustyna dała jakiś znak, że Matka Przełożona nachyliła się do niej, a ona powiedziała, że jeszcze teraz nie umrze, a jak będzie umierać, to da znać. Siostry rozeszły się. (…) Kiedy wracałam do celi, wstąpiłam do kaplicy i pomodliłam się do dusz czyśćcowych, żeby mnie obudziły jak będzie umierać Siostra Faustyna, bo bardzo chciałam być przy jej śmierci. Bałam się wprost prosić o to Matkę Przełożoną, bo nam, młodym profeskom, nie wolno było tam chodzić, by się nie zarazić gruźlicą. Siostrze Amelii pozwolono, bo już była chora na gruźlicę. Spać poszłam o zwykłej porze i zaraz zasnęłam. Naraz, ktoś mnie budzi: – „Jak Siostra chce być przy śmierci Siostry Faustyny, to niech Siostra wstaje”. Ja od razu zrozumiałam, że to pomyłka. Siostra, która przyszła obudzić s. Amelię, pomyliła cele i przyszła do mnie. Zaraz obudziłam s. Amelię, ubrałam chałat i czepek, i szybko pobiegłam do infirmerii. Po mnie przyszła s. Amelia. To było jakoś koło jedenastej w nocy. Gdy przyszłyśmy tam, Siostra Faustyna jakby lekko otworzyła oczy i trochę się uśmiechnęła, a potem skłoniła głowę i już… Siostra Amelia mówi, że już chyba nie żyje, umarła. Spojrzałam na s. Amelię, ale nic nie mówiłam, modliłyśmy się dalej. Gromnica cały czas się paliła.
Pogrzeb Siostry Faustyny odbył się w pierwszy piątek miesiąca i uroczystość Matki Bożej Różańcowej. Ojcowie Jezuici odprawili Msze św.- Władysław Wojtoń SJ odprawił Mszę św. przy głównym ołtarzu, a o. Tadeusz Chabrowski SJ przy ołtarzu Serca Jezusowego. Na pogrzebie nie był nikt z rodziny, ponieważ Siostra Faustyna nie chciała narażać ich na koszty podróży. Siostra Faustyna została pochowana w grobowcu na cmentarzu zakonnym w ogrodzie Zgromadzenia.
